Il y a un gap entre Code Veronica et le 4 pendant lequel Umbrella est démantelée. C'est expliqué au début du 4: les évènements de Raccoon City ont éclaté au grand jour, impliquant Umbrella qui a été jugée coupable et démantelée. Mais c'est de l'ordre du judiciaire, pas de l'action militaire ou quoi. Je ne crois pas que ce démantèlement soit vécu dans un jeu, ou peut-être dans les Umbrella Chronicles.
A la suite de ce démantèlement, les armes biologiques créées par Umbrella se sont retrouvées sur le marché noir et revendues à des groupes terroristes. Ce sont contre ces groupes que se battent Jill, Chris, Sherry et tout le BSAA en général.
Parallèlement à ça, tu as les Plagas qui ne sont pas l’œuvre d'Umbrella mais la découverte de la famille Salazar dans le 4. Leon se bat contre la troupe des Illuminados car il bosse à présent pour le Président des USA et qu'ils ont enlevé sa fille. A la fin du 4, Wesker récupère les Plagas par le biais d'Ada.
Wesker et son organisation vendent des armes biologiques. Il a trahi Umbrella dans le 1 en voulant s'emparer du Tyrant et le Virus T pour son propre profit et pouvoir. Il a par la suite récupéré tous les différents virus qui trainaient: Le T dans le 1, le G dans le 2 (par Ada, Hunk le récupère pour Umbrella), le T-Veronica dans CV en embarquant le corps de Steve et les Plagas dans le 4 (qu'il revend aux Majini dans le 5). Dans le 5 il s'associe à Excella Gione de la société Tricell pour mettre au point le virus Uroboros à partir du virus Progenitor et de ses recherches sur sa collection de virus, tout ça pour devenir le maître de son nouveau reich. Wesker et Excella meurent dans le 5. On ne sait pas ce qu'il est advenu de l'Uroboros compte tenu des quantités astronomiques fabriquées.
Dans le 6, tu apprends que le monde est gouverné dans l'ombre par The Familly (putain...

) dont Simmons fait partie. Neo Umbrella est l'organisation terroriste montée par Carla Radames (la nana de Simmons a transformée en copie d'Ada Wong car il en était amoureux) pour se venger de ce dernier (parce qu'elle l'aimait et que lui s'est servi d'elle bla bla bla) en larguant son virus C et le HAOS et renverser l'ordre mondial que lui et sa Familly avaient construit..
Et parallèlement à tout ça, tu as Ada Wong (qui joue double jeu avec tout le monde, Wesker inclus) et d'autres pignoufs qu'on croise dans le Revelations qui bossent pour l'Organisation. Dont on ne sait pratiquement rien, mis à part qu'elle a aussi mis la main sur tous les Virus sur le marché.
C'est plus clair maintenant ?